Блин трудно сказать... А может колесный тормозной цилиндр? Из-за тормозных дисков вроде такое не может быть, может быть колодки или что-нибудь в этом роде?
Наверное что-то с клапанами, может быть попробовать почистить движок. Присадка промывка двигателя есть такая. У меня друг пробовал, говорит стало тише и мягче что ли.