Я обычно делаю так. Меняю фильтрующий элемент (мойка, сушка, высушивание колбы само собой), и трубку, идущую на ТНВД сразу не подключаю. Подставляю ёмкость к выходу с фильтра, грушей или насосом в баке прокачиаваю около 0,5 литра топлива, даю пропитаться фильтру минут 15-20, прокачиваю ещё 0,5-1 литр, подключаю трубку от ТНВД на место.
Это хоть и не панацея, но сильно снижает забиваемость сеток регуляторов.