При входящем ЛС появляется счетчик на иконке сробщения и на иконке уведомления. После просмотра сообщения в уведомлениях остается висеть счетчик. Нужно обязательно просмотреть уведомление о входящем сообщении, чтобы счетчик пропал. По моему, для входящих достаточно подсвечивать только иконку сообщения. Или синхронизируйте, что бы при просмотре сообщения, уведомление так же становилось просмотренным, потому как уже не актуальное.